魔王討伐から50年後。かつての英雄たちは老い、フリーレンは変わらぬ姿で彼らと再会します。しかし、間もなくして勇者ヒンメルは天寿を全うします。

葬儀の際、フリーレンは自分がヒンメルについて「何も知ろうとしなかった」ことに気づき、初めて涙を流します。人間を知るため、そしてヒンメルにもう一度会って話すため、魂の眠る地「オレオール」を目指す新たな旅が始まります。

旅の過程で、かつての仲間である僧侶ハイターから戦災孤児の魔法使いフェルンを、戦士アイゼンからは臆病だが強い戦士シュタルクを託されます。過去の英雄たちの想いを受け継いだ、新しいパーティが結成されました。

北側諸国にて、七崩賢の一人「断頭台のアウラ」と対峙。アウラは相手と魔力量を天秤にかけ、少ない方を服従させる魔法を使います。しかし、フリーレンは生涯にわたり魔力を極限まで制限する訓練を続けており、アウラはその真の魔力量（アウラを遥かに凌駕する量）を見誤りました。

この戦いで、フリーレンの圧倒的な実力と、魔族に対する冷徹なスタンスが描かれました。

北部高原への入域に必要な資格を得るため、魔法都市オイサーストで試験に挑みます。

第一次試験：隕鉄鳥（シュティレ）の捕獲。カンネ・ラヴィーネと協力し、結界を解析・破壊して突破。
第二次試験：迷宮攻略。最深部には複製体（水鏡の悪魔）が待ち構え、「完璧なフリーレンの複製体」を倒すため、フェルンとの連携で勝利しました。

第三次試験：大魔法使いゼーリエによる面接。
結果、フェルンは合格（ゼーリエの魔力の揺らぎを見抜いたため）。
一方、フリーレンは不合格となりました。ゼーリエはフリーレンの実力は認めつつも、彼女の魔法に対する姿勢が自身の理念と合わないとし、さらに「今後1000年の出入り禁止」を言い渡しました。